DC.Ars: チーム・ハードサイダーとFind-A-Drug

がんとHIVは、世界で最も大きな死因の2つです。どちらも治療法はありますが、多くの副作用を伴うため、HIVと多くの種類のがんには根治的治療法がありません。Find-A-Drugプロジェクトは、皆様のご支援と最新技術の力を借りて、この状況を変えたいと考えています。DC.Arsの今週号では、Find-A-Drugのプロジェクトリーダーであるキース・デイヴィス氏にインタビューをお届けします。

インタビューに移る前に、多発性硬化症、マラリア、糖尿病、結核など、他の病気や疾患もターゲットにしていることをお伝えしておきます。Ars Technicaには、Team Hard Ciderという薬探しチームがあり、チーム番号は2167です。THCは2週間のキャンペーンを開始し、他のチームのメンバーの多くが薬探しに参加してチームを盛り上げています。新しいメンバーを募集していますので、ぜひご参加ください！

キース・デイヴィス氏へのインタビュー

Ars Technica: Find-A-Drug とは何ですか?

キース・デイヴィス：Find-a-Drugは、Treweren Consultants Ltd.が資金提供している非営利プロジェクトです。特定の疾患に関連するタンパク質に結合できる、薬物のような小さな分子を見つけることを目的としています。このような結合は、治療に有用な可能性のあるタンパク質の正常な機能を阻害する可能性があります。通常、各タンパク質について少なくとも4,000万個の分子の結合ポテンシャルを評価し、結合が予測されるヒット分子は0.1%未満です。これらの分子は約1万個の分子セットにグループ化され、各PCが処理します。典型的なジョブの処理時間は、PCの速度と対象となるタンパク質によって異なりますが、2～20時間です。

AT: がん治療への道で次に何が起こるのでしょうか?

KD：創薬は非常に長いプロセスであり、通常、望ましい活性を示す分子の発見から様々な毒性試験を経て臨床試験に至るまで、何年もかかります。近年、99%の分子がこのプロセスを完了できず、市販薬として市場に出回っていません。私たちのがん研究はまだ初期段階です。実験室で望ましい活性を示した分子やヒット化合物はいくつかありますが、試験すべき候補分子がさらにあります。潜在的なパートナーとの協議も初期段階にあります。

AT: 結果の所有者は誰ですか?

KD: 結果に関する知的財産権はTreweren Consultantsが所有していますが、ラボ試験に関する特許は提携パートナーが所有する可能性があります。理想的なパートナーは、比較的小規模なバイオ医薬品企業です。こうした企業は、より柔軟なアプローチを取り、より魅力的な条件を提示することが多いからです。こうした提携から得られる利益はすべて、医薬品研究に寄付されます。

AT: Xという疾患を対象としたターゲット実験を行ってみませんか？ ターゲットのアイデアはあるのですが、実験していただけますか？ また、必要なことは何でしょうか？

KD: どの疾患を対象とするかは、多くの要因によって左右されます。疾患の生化学的な理解は、タンパク質、その機能、そしてそれらのタンパク質に結合した小分子がもたらす可能性のある結果を特定するために不可欠です。さらに、タンパク質の三次元構造も必要です。現在、3万件以上の三次元構造が公開されています（http://www.rcsb.org）。私たちは、多数の患者に影響を与え、治療法が存在しない、あるいは治療費が高額である、あるいは望ましくない副作用がある疾患を優先的に研究対象としています。

AT: どのようなプラットフォームが利用可能ですか? また、なぜ Mac クライアントがないのですか?

KD: このソフトウェアはLinuxとWindowsで利用可能です。Treweren Consultants Ltdは、顧客がLinuxとWindowsを使用しているため、現時点では他のプラットフォームでソフトウェアを提供する予定はありません。

AT: がんを治そうとするプロジェクトはいくつかありますが、このプロジェクトが他のものと比べて優れている点は何でしょうか?

KD: THINKソフトウェアを採用した最初の分散コンピューティング・プロジェクトは、ユナイテッド・デバイセズとオックスフォード大学のがん研究プロジェクトでした。Find-a-Drugプロジェクトは、ユナイテッド・デバイセズがインテル社との共同研究で生まれたTHINKソフトウェアの（40倍）高速で優れたバージョンを採用しないことを決定した後に設立されました。このプロジェクトは、より多くの研究者と協力し、より幅広い疾患に取り組む機会となりました。検証作業の結果、THINKソフトウェアの速度と真陽性（実験的に確認されたヒット数）の性能は、LigandFitやGlideなどの他のソフトウェアよりも優れていることが示されています。アーキテクチャには数々の技術革新が盛り込まれており、プロジェクトによって発生するインターネットトラフィックは非常に低く抑えられています。

AT：プロテオームの傘下で、肝炎など、他にも多くの疾患のターゲットが研究されています。それらの研究結果はどうなりましたか？今後、何か成果は出るのでしょうか？

KD: プロテオーム・プロジェクトは、長期的には、当初は協力関係になかった多くのタンパク質標的に取り組むことになります。結核などのケースでは、これらのヒット遺伝子の一部を試験できる機関を特定しており、このアプローチは今後も継続される予定です。 

AT: 今後、さらに証明書を発行する予定はありますか? また、マラリア証明書など、がん以外の対象に対する証明書についてはどうですか?

KD: ヒット化合物の活性が実験室で確認された時点で証明書を発行しています。現在、がんとHIVのヒット化合物のうち少数が試験・確認されています。今後数ヶ月で、この数が増えるとともに、他のプロジェクトでもいくつか確認が取れると予想しています。残念ながら、一部の共同研究の性質上、証明書を発行できない場合があります。

AT: このプロジェクトの長期的な目標は何ですか？クライアントにとって長期的にどのような新機能が期待されていますか？

KD: 今年の私たちの重点は、コラボレーションとパートナーシップの数を増やすことです。ソフトウェアの開発は継続しますが、改善の大部分はより優れた科学的アルゴリズムの開発に向けられると考えています。

私たちの質問に答えるために時間を割いてくれたキースに心から感謝します。

チームハードサイダーの重要な事実

インタビューでは、証明書について何度か触れられました。提出したワークユニットが実際のラボで検証され、その結果が出たユーザーには、このような証明書が授与されます。Team Hard Ciderのメンバーで証明書を授与されたのは他に、10jecfad、Charmed、theReverend、Mr. Oです。ポイント、GFLOPS、Computer Timeの証明書もあります。

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