DeepMindのおかげでヒトプロテオーム全体が自由に閲覧できるようになったとはいえ、バイオテクノロジーの最先端では毎日新しいタンパク質が作られ、テストされており、これは複雑で時間のかかるプロセスです。Glyphic Biotechnologiesは、この重要かつ時間のかかるシーケンシング段階を加速させることで、医薬品開発期間を大幅に短縮できる可能性があります。このスタートアップ企業は、この画期的なソリューションを市場に投入するために、600万ドルのシード資金を調達しました。
タンパク質は多くの新しい治療法や製品の中核を成しています。遍在的で無限に変化するアミノ酸の鎖は、細胞、体内の物質、その他のタンパク質と相互作用する形状に変形し、DNAの解釈から保護領域へのアクセス制御（「申し訳ありませんが、カリウムはご遠慮ください」）まで、あらゆることを行います。
創薬とバイオテクノロジーの世界では、タンパク質は無限の可能性を秘めています。適切なタンパク質は、がん細胞に結合したり、自然治癒プロセスを促進したり、有用な物質の生成を促したりする可能性があります。しかし、新規分子を発見し、試験することは容易ではありません。その大きな部分を担うのが、試験対象のタンパク質の正確な構成を確認するための配列解析です。
現在、タンパク質発見の世界で好調なビジネスを展開している大企業がいくつかあり、一般的にそのプロセスには、タンパク質鎖の末端のアミノ酸を特定し、それを切り取り、次のアミノ酸を特定し、これをすべて完了するまで繰り返すことが含まれます。
このアプローチの問題点は、タンパク質の形状や、次のアミノ酸の分子特性が、末端のアミノ酸への結合と識別のプロセスを阻害する可能性があることです。その結果、このプロセスには一定の不確実性と信頼性の欠如が内在しています。
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Glyphic Biotechnologiesは、共同創業者の一人が開発したClickPと呼ばれる新規分子を用いて、標的アミノ酸をまず切り離し、その後近くに固定するというステップを追加することで、この状況を改善しました。既知の分子に1つの固定アミノ酸が結合することで、識別がはるかに容易になり、完了すると、このプロセスは以前と同じように繰り返されます。
簡単に述べましたが、この進歩は目覚ましいものです。抗体発見分野の現在の技術では、（非常に高価な）機械1台あたり、週に数万個ものタンパク質を生産・検査しています。多いように聞こえますが、タンパク質は実質的に無数にあるため、これはほんのわずかな量に過ぎません。24時間365日稼働させても、この速度では需要を満たすには程遠いのです。
Glyphicのアプローチは、ClickPと単分子顕微鏡（DNAシーケンシング大手のIlluminaが使用しているものなど）を活用し、週に数百万から数千万件の解析が可能で、将来的には数十億件にまで増加する可能性があります。最も控えめな見積もりでも、桁違いの改善が期待できます。他の技術では、問題の抗体を生成するためにB細胞培養を用いるため、数万件という情報には多くの（おそらくほとんどが）重複情報やジャンク情報が含まれています。
それだけでなく、ClickP法は鎖内の次のアミノ酸からの干渉の問題を回避するため、特異性と信頼性がはるかに高くなります。つまり、単に100倍、1000倍の数のタンパク質をシーケンシングするだけでなく、結果に対する確信度がはるかに高まるのです。
Glyphicは当初、送付されたサンプルを処理する予定でしたが、最終的には競合他社と同様に、その技術を他の研究室で活用することも考えられます。サービス提供からハードウェアの販売とサポートへと事業を拡大していくのが現在のロードマップです。
すべてが宣伝通りに機能すれば、バイオテクノロジー業界で需要が急増する中で、Glyphicはタンパク質シーケンシングの新たな標準となる可能性があります。ただし、そのためにはもう少しインキュベーターで時間をかけて研究する必要があります。
彼らが先駆けとなったプロセスは、MIT の Ed Boyden 氏 (チームの「科学的創設者」として所属) の研究室で共同創設者の Joshua Yang 氏 (CEO) と Daniel Estandian 氏 (CTO) が行った作業の結果です。
ヤン氏は、同社と業界の潜在的優位性との間にあるのは、単に化学工学の問題だと説明した。
「私の共同創業者（エスタンディアン）はClickPを自ら開発しました。化学的に機能するのです」と彼は私に言った。「しかし、学術研究室からのスピンアウト企業として、20種類全てのバインダーを開発することはしませんでした。そうしたら研究室が破産してしまうからです。これは『既製品』の分子ではありません。」
これらのバインダーは、20種類のアミノ酸それぞれに対してプロセスを機能させるアダプターのようなものです。設計には時間と費用がかかるため、残りの製造資金を確保するために、まずは少数のバインダーでシステムを披露することにしました。「本当に重要なのは、それらを世に出すために時間をかけることです」とヤン氏は言います。
602万5000ドルのシードラウンドは、プラットフォーム構築の初期段階における同社の資金調達に充てられる見込みです。このラウンドは、OMX Ventures（過去に10X GenomicsとTwist Bioscienceに投資）が主導し、Osage University Partners、Wing VC、Artis Ventures、Cantos Ventures、Civilization Ventures、Axial VCが参加しました。また、Mammoth BiosciencesのCEOであるTrevor Martin氏もエンジェル投資家として参加しています。
バークレーにはBakar Labsという新しい大型バイオテクノロジーインキュベーターがある
Glyphicは、バークレーに新しく開設されたバイオテクノロジーインキュベーター、Bakar Labsに最初の拠点を構えます。同社は、次の大きなステップ、おそらく来年予定されているAラウンドの資金調達を背景にハードウェア製造に着手する準備ができるまで、Bakar Labsに拠点を構えます。そして2022年には、同社初の有料サービスも開始される予定です。そして、抗体市場は規模こそ大きいものの、まだ始まりに過ぎません。
「抗体はまだ出発点に過ぎません。タンパク質シーケンシングは数多くのアプリケーションで活用できます」と、ジョシュはインタビュー後にメールで説明しました。「もう一つの価値の高い分野は産業バイオテクノロジーです。進化した酵素をタンパク質シーケンシングに基づいてスクリーニングすることで、強化された機能や新しい機能（例えば、より優れた洗濯洗剤や廃水処理）を特定することができます。診断検査の開発にもメリットがあります。サンプルセットでより多くのタンパク質をシーケンシングして特定できればできるほど、希少ながらも重要なバイオマーカーを特定できる可能性が高まり、あるいは、組み合わせることで疾患を検出または予測できる堅牢なバイオマーカーパネルを開発できる可能性も高まるからです。」
ますます熱くなるバイオテクノロジー市場では、知的財産の保護が鍵となる
Glyphic のような企業は、資金力のある競合他社に買収される格好のターゲットのように見えるかもしれないが、ヤン氏は、同社にはそれを乗り切るだけの自信があると述べている。
「この分野の活動はすさまじい勢いです。共同創業者と私は、次のイルミナや10X Genomics、つまりプロテオミクスのリーダーになりたいと思っています。」競合他社が何か秘策を持っていない限り、ヤン氏の野望は実現可能だと思われる。
DeepMindは、AlphaFoldによって折り畳まれたヒトプロテオーム全体をオンラインで公開しました。
