800万ドルのシードラウンドで、Protaiはプロテオームを活用して創薬を加速

テクノロジーは、複雑な創薬・試験プロセスにおいてますます重要な役割を担っており、処理能力とアルゴリズムの進歩に伴い、新たな分析分野への進出が進んでいます。次に注目されるのは、タンパク質とその相互作用を研究するプロテオミクスです。Protaiは、シードラウンドで800万ドルを調達し、この分野に着手したスタートアップ企業の一つです。

病気は、体内の様々な組織レベルで様々な現象を引き起こします。例えば、肝臓で病気が細胞死を引き起こすとします。なぜでしょうか？細胞がこの化合物を過剰に産生しているからです。なぜでしょうか？阻害分子が産生メカニズムを活性化するタンパク質に結合しないからです。なぜでしょうか？タンパク質をコードするRNAが損傷しているからです。なぜでしょうか？などなど。

Protai がそのスタックに適合するのは、遺伝的要因を特定できるゲノムおよび転写レベルより上、そして問題が症状としてより明確に見えるようになる細胞およびシステム層より下です。

まず同社は、6,000件の論文から約5万のサンプルを集めた、同社が最大規模と主張するプロテオームデータベースを構築し、混沌としたデータを調和させて（ここでは自然言語AIが役立った）、単一の情報源として機能するようにした。

「小さなサンプルの研究を分析するのではなく、特定の病気に関するすべてのデータを分析するという考え方ですが、さまざまな条件、機器、プロトコル、コントロールからタンパク質が収集され、配列決定されているため、まったく異なるものなのです」と、CEO兼共同創設者のエラン・シーガー氏は説明した。

これらをすべて組み合わせることで、特定の疾患におけるタンパク質とその相互作用の高次「マップ」を作成できます。分子レベルで何が起こっているかをより深く知ることは、常に有益です。

「生物学的説明可能性の向上により、より優れた創薬ターゲットと候補薬が生まれます」とシーガー氏は述べています。「肺がんの概念実証において、現在独立した創薬プログラムで追求しているいくつかの高価値ターゲットと、この適応症への既存薬の適用拡大に役立つ他のマーカーを特定しました。」

テッククランチイベント

サンフランシスコ | 2025年10月27日～29日

同社は、組織検査から最終的な臨床試験に至るまで、新薬の発見と試験のプロセスを網羅できるようにしたいと考えています。

プロテオミクスの世界における最近の進歩は、一般的にはアミノ酸の特徴的な配列によってのみ知られているタンパク質の構造と機能性を決定するために AI を活用したモデルを使用することであり、このすべての仕組みを変える可能性があります。

DeepMindのAlphaFoldとワシントン大学のRoseTTAfoldモデルは、タンパク質の配列に基づいて構造を正確に予測することが可能です。これはこれまで、高価な実験室での試験でしか不可能でした。これは、従来の手法に依存していた分野全体に大きな変革をもたらしています。

CTO兼共同創業者のキリル・プレブズナー氏は、この進歩を歓迎すると述べました。「AlphaFoldなどの構造プロテオミクスツールを、主に2つの方法で当社のソリューションに統合しています。1つはタンパク質間相互作用の予測精度をさらに向上させることです。もう1つは、薬剤と標的の相互作用です。どちらの方法も、標的に最適な薬剤ソリューションの開発と最適化を可能にします。」

Grove VenturesとPitango HealthTechが主導した800万ドルのシードラウンドは、（シードラウンドでよくあるように）新しいプラットフォームの開発とパートナーシップやその他のプログラムの構築に充てられる。